El municipio está ubicado en el noroeste del estado de Sonora, su cabecera es la población de Agua Prieta y se localiza en el paralelo 31°17\'de latitud norte y a los 109°33\' de longitud al oeste del meridiano de Greenwich, a una altura de 1,402 metros sobre el nivel del mar.Colinda al norte con los Estados Unidos de Norteamérica; al este con el estado de Chihuahua; al oeste con el municipio de Naco; al sur con los de Bavispe y Nacozari de García y al sureste con el de Fronteras.Posee una superficie de 3631.65 kilómetros cuadrados, que representa el 1.95 por ciento del total estatal y el 0.18 por ciento del nacional. La localidad más importante, ademas de la cabecera, es la colonia Morelos.